Głęboko przeżył wybuch powstania styczniowego, do którego poszli dwaj jego bracia, Edmund i Kazimierz, oraz bliscy mu Stanisław Serafiński i Stefan Giebułtowski, brat przyszłej jego żony. Ten ostatni poległ w bitwie o Miechów w wieku zaledwie 23 lat. Sam artysta po dłuższym wahaniu zrezygnował z walki z bronią w ręku ze względu na słabe zdrowie. Wspierał jednak narodowy zryw, jak mógł. Przebrany za węglarza dowoził broń do powstańczego obozu, a na zorganizowanie wyprawy miechowskiej ofiarował ogromną w stosunku do swych ówczesnych możliwości kwotę 500 guldenów. O tym jak ciężko artysta przeżył klęskę powstania świadczy najlepiej jego alegoryczny obraz Rok 1863 – Polonia, który zaczął malować w 1864 r., a którego nigdy nie ukończył. Obraz przedstawia Polskę jako zakuwaną w kajdany młodą kobietę, ubraną w czarną suknię. Za nią widać drugą zniewoloną kobietę w jaśniejszej sukni - to zapewne Litwa. Zakuwanie w kajdany nadzorują dwaj oficerowie; rosyjski i pruski. Według niektórych ekspertów dzieło to należy do najsłabszych, jakie wyszły spod pędzla Matejki, ale właśnie w nim uwiecznił artysta wstrząsające osobiste doświadczenie narodowej tragedii, bez którego jego geniusz nigdy zapewne nie wspiąłby się szczyty.
Więcej informacji, ciekawostek i materiałów na temat życia i twórczości Jana Alojzego Matejki szukaj w jego biogramie i na dalszych stronach naszego serwisu.